跟着化肥使用量的添加也破坏了土壤结构、污染了土壤环境，土壤营养也在逐步的失衡，并且问题越来越严重。特别是在土壤氮磷钾三要素上的影响更为突出，对于土壤营养的含量一般推荐使用三体仪器土壤微量元素检测仪,这样能得出土壤中各个营养的含量参数，为上肥量提供科学有力的依据。
土壤微量元素检测仪的测定成果能够发现，化肥使用过多，大量的NH4、K+和土壤胶体吸附的Ca2+Mg2+等阳离子发生交流，使土壤结构被破坏，导致土壤板结。大量施用化肥，用地不养地，形成土壤有机质下降，化肥无法补偿有机质的缺少，进一步影响了土壤微生物的生存，不仅破坏了土壤肥力结构，并且还降低了肥效。
制作化肥的矿藏原料及化工原料中，含有多种重金属元素、放射性物质和其他有害成分，它们伴随上肥而进入农田土壤形成污染，近年来土壤的污染日趋严重，已经影响到农产品的营养价值、耐储藏性、抗逆性，然后影响到人类的身体健康状况。
土壤微量元素检测仪对长期使用氮磷钾的土壤营养进行测定，发现N-P-K营养对土壤结构产生了适当的破坏力，导致了土壤营养的失调，营养丢失，污染加剧。依据不同作物和土壤类型平衡科学配方上肥，用养结合，大力实施/测、配产供施一体化的农化服务，从根本上改进土壤结构培肥土壤进步化肥和有机肥吸收利用率，保持地力久用不衰这样既能节省生产成本，进步作物产值和改进产品品质，又能维护农业生态环境，然后进步农产品的质量，真实添加农品数量，也才能做到高产、稳产、适产优质、高产优质及高效。
